中央研究院生物多樣性研究中心研究員陳昭倫投書風傳媒，指出大潭藻礁礁體結構、生物多樣性與生態是桃園沿岸藻礁生態系最完整的區塊，不容因為任何工程而再進一步的流失。
中油新聞稿澄清，經專業單位評估，開發案對現有藻礁生態系影響輕微，且因為建港後之遮蔽效果，不易被淤砂掩埋，有助於維持藻礁生態系。
陳昭倫擔心，中油興建棧橋的位置正是藻礁連續分布的熱區，也是柴山多杯孔珊瑚生存的潛在熱點，柴山多杯孔珊瑚族群會因為棧橋的興建而受到生存威脅。
中油說明，為降低影響採用預鑄箱型橋，落墩數量僅7墩，其中落在陳昭倫先生所提多杯孔珊瑚潛在熱區約有4處。且熱區範圍內棧橋預定路徑礁體多有淤沙覆蓋，並未發現多杯孔珊瑚。
中油強調，施工前再調查，若有必要會調整落墩位置，以避開多杯孔珊瑚。棧橋落墩型式將採流線形設計，經評估對沿岸流流場影響輕微，不會因興建突堤而產生沙埋效應。
陳昭倫認為，中油提出的保育措施無法獲得環委、學者和民團信任。他說，「環境保護及生態保育處」和花費一億元的「觀塘工業區生態保育執行委員會」是空泛組織。
對此，中油表示，「環境保護及生態保育處」將參照以往國內湖山水庫成功案例，而設置「觀塘工業區生態保育執行委員會」，將會邀請國內專家學者、地方人士參與保育方案。皆為具體可行措施，並非陳昭倫說的「空泛組織」。
另外，有環評委員及環團提出建議，在台北港、林口港及台中港等地開發，中油表示，雖然工程技術可行，但開發時間將會相當耗時。
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