針對氣候與海岸地形變遷，造成雲林沿海水倒灌嚴重，中央政院由政務員委吳澤成跨部會邀集地方協商，並依循各方意見作出三項結論，即清淤、延伸萡子寮港北堤，至於整個海岸線治理，則納入國家級「防止外傘頂洲沙灘流失整體防護計畫」中，雲林縣水利處表示，清淤經費已獲補助，在加高北堤未施工之前，期能先行進行內碼頭防洪牆的設置，以避免海水天天入侵，影響漁民作業。
針對雲林縣子寮漁港連日發生嚴重海水倒灌，衍生雲林海岸嚴重變遷問題，行政院公共工程委員會主委吳澤成日前邀水利署、漁業署及雲林縣府召開「雲林萡子寮漁港淤積及淹水問題改善方案」會議，共商對策。
與會的立委蘇治芬指出，雲林沿海地層下陷嚴重，造成地勢低窪，尤其萡子寮漁港像是一個海堤的大缺口，大潮時海水直灌而入，也造成漁港淤沙嚴重，她認為可利用淤積的沙，讓海岸線陸域化，既可防止海水倒灌，也能解決港口淤積的問題。
經各部會與縣府溝通後中央地方達成共識並作成3項結論，吳澤成指示各部會分頭辦理，以有效治理漁港淤積及淹水，先由中央補助250萬元規畫港域清淤，讓船隻可通行；有關漁港北側防波堤延長案，雲林縣府已完成初步數值模擬試驗，後續請漁業署輔導縣府，依現況海岸地形及漂沙，辦理防波堤延長方案水工模型實驗，作為整堤參考。
至於雲林海岸線陸域化、潟湖水域變小及港口淤積問題，也請營建署等相關單位彙整資料，1個月內研擬改善對策，納入「防止外傘頂洲沙灘流失整體防護計畫」中滾動檢討。
雲林縣水利處長許宏博指出，遠中近3項治理結論，他也表認可，只是目前漁港區仍天天淹水，緊急清淤雖已著手規畫，但他認為在北堤延伸之前，希望中央能協助在內碼頭先築設防洪牆，加高碼頭堤岸約2.56公尺應急，讓海水不再入侵。至於未來北堤延伸縣府已委託海洋大學完成電腦數值模擬實驗，將來如能提升更高階的水工模型實驗，尤其提升為國家級治理，對因應氣候及大自然變帶來的遷海水倒灌防護將更加鞏固，縣府會全力配合。
